アレルギーは体内IgE抗体（免疫グロブリンE）とアレルゲンとの反応によって起こる。アレルゲンはタンパク質であり、食品アレルギーの場合は食品中のタンパク質が直接アレルギーの原因となる。スギ花粉の場合は花粉に含まれる酵素がアレルゲンとなり、金属アレルギーの場合は金属によりイオン化されたタンパク質がアレルゲンとなる。