ボツリヌス菌は土壌細菌で、芽胞の状態で自然界に広く分布している。

　芽胞は栄養素が不足したり環境が悪化すると一部の菌が形成する耐久性の高い特殊な細胞構造で、熱だけではなく乾燥や消毒剤にも耐える。ボツリヌス菌は芽胞の状態でハチミツに含まれることがあるが、胃酸により殺菌されるため通常食中毒を起こすことはない。